修理から返ってきたiPhone を再び使う手順がわかりません。

普通は、以前に確保してあったバックアップから復元して使うという手順だと思います。バックアップから復元すれば、設定は以前の状態になりますから、初期設定は原則的には不要です。

なお、復元すれば設定は消えますので、「初期設定をしてから復元」は無意味です。

１　初期設定して、正常に稼働するかどうかを簡単に確認する。

　　ついでに、iOSをアップデートする。

２　正常動作してそうで、修理前のバックアップがあるなら、バックアップから復元する。

手抜きして、バックアップから復元した上で、なんか変な感じなら、初期化して正常個体かどうかを確認するのもありかも。