妻のappleIDがいつのまにか夫である私のIDになってしまった。

サインアウトして奥様の IDでサインインしてください

2ファクタ認証は設定できていますか？

もし、まだならしておく事をおすすめします。

奥様がパスワードをご存知で、あなたの IDでサインインしているのも考えられます。

2ファクタ認証にしておきましょう。

お互いの為です。

同じパソコンの同じアカウントを使って、iphoneのバックアップしてたとかじゃないですか？そういうやり方だと容易に両方のiphoneの中身が入れ替わったり、紛れ込んだりします。別アカウントでそれぞれのiphoneを管理すればそういうことは起こりません。

Appleとは関連のない、googleなどを利用して、アドレスのデータなどを保存。

奥様のApple IDで、サインインして、googleからデータを読み込む。

既に書いてるつもりだけど。パソコンに奥さん用のアカウントと旦那さん用のアカウントを作り、それぞれのiphoneをそれぞれのアカウントで管理します。そのようにすれば、両方の中身が入れ替わったり、混ざったりすることはありません。くどくてごめん。