アプリのアップデート

App Storeで購入履歴の中にそのアプリはありますか？

無いようなら別の方が回答されてるように、他のApple IDでインストールされています。

無料のアプリでデータもアプリ内のアカウントで引き継げるようなら、一度削除してインストールし直せば今のApple IDで紐づいてインストールできます。

アプリは購入時のApple IDと紐付けられてます。そのアプリを購入した時のApple IDは、現在使ってるApple IDと異なるのでは？家族などと同じパソコンでバックアップしてたりすると、家族のアプリが混入してきてそうなるということもあります。