マグネットの付いた手帳型のケースに入れたまま、PASMOの機能は使えますか？

まず第一に、PASMOなどNFC通信は電波による通信なので、磁石の存在(静磁場)には影響されません(磁石の影響を受けるなら、そもそも携帯電話(無線通信機器)として機能しない)。

また、iPhoneのNFCアンテナは端末の上部(受話口のほう)にありますが、ケース開閉のマグネットは殆どの場合中央部の左右いずれかにあると思います。

ということで、磁石については大丈夫です。

電波に影響を与える可能性があるのは、金属の板、つまり金属製ケース(やフレーム)を使用している場合になります。

なお、PASMOを使うときは、端末の上部を読み取り機に軽くタッチさせる使い方です。

プラスチックカードみたいにガッツリ真ん中を読み取り機に当てても反応しませんので、注意してください。

磁石は大丈夫だと思うけど、ケースの厚さと素材によると思う。

だけどiPhone12用として販売されているものであれば、PASMOやSUICAの使用も前提に作られてるんじゃないかな。