マウスのスクロールがアプリケーションによって違うので直したいです。

普通はマウスの設定はosの設定に従うと思うのですが。例えば、safariを実行して見て、それと同じならmacosの本来の設定通り（システム環境設定＞マウスのスクロールの方向）です。多分、（手元で見る限りはsafariと同じ振る舞いなので）chromeはその設定で動いてるのでは？それ以外の動き方するなら、それはそのソフト内部の設定で変更してるのではないかと思います。photoshopの設定の中にそういう項目はありませんか？（自分は、最近はphotoshop使ってないので分かりません）。

ま、macosのマウスの設定を変更する（スクロール方向ナチュラルのチェックを外す）という手もあるかもですけど。