iCloudに連絡先の一部が同期されません。

一つのApple IDのiCloud上にしか連絡先データーがないとのことで話を進めますよ。

まずは全ての設定とリセットを行い、同期が進むかどうか確認してください。

ダメな場合は下記に進みます。

一旦iPhone上で設定アプリの一番上、「Apple ID、iCloud、メディアと購入」からサインアウトしてください。

その際に連絡先のデータをiPhone内に残すかどうか聞かれますので、残してください。

念のためiPhoneを再起動

再度iCloudにサインインしてください。

その際に連絡先のデータを統合するかどうか聞かれますので、統合してください。

iPhoneの連絡先でグループを表示させてみてください。

iCloud以外のグループが表示されていませんか？

（例えばGMAILとか、メインで使用しているApple ID以外の@icloud.comとか）

iCloudで同期されるのはメインで使用しているApple IDのアカウントだけですよ。

ちょっと追記

過去にPCやMac上の連絡先（iCloudではなくPCやMac本体上の連絡先）の同期を行ったことはありますか？

あればその情報が残っているとか。

（でもiPhone本体ではiCloud上にしか連絡先データがないようなので、この可能性は低いかも）

通常、連絡先はiCloudと同期していて、バックアップ対象外なんですけど…

どうやってバックアップして、数を確認していますか？

どこに979件あって、差の400件はどこにあるんですか？