iCloud ストレージの料金を現在クレジットカード支払いを「Apple ID の残高」支払に変更したい場合、

通常はiTunesカード等で残高にチャージすれば、その残高から優先して使用されるので、それで大丈夫です。

Apple の App、コンテンツ、サブスクリプションの料金の請求の仕組み - Apple サポート (日本)

アイテムを購入した場合やサブスクリプションの料金を支払う場合、以下の順序でお支払い方法に代金が請求されます。

Apple ID の残高から、請求額の全額が差し引かれます。

Apple ID の残高がない場合や、請求総額を賄うには残高が不足している場合は、主要なお支払い方法への請求が試みられます。主要なお支払い方法とは、iPhone の「設定」でリストの一番上に表示されているお支払い方法です。どのお支払い方法をリストの一番上にするかは、自分で決められます。

主要なお支払い方法に問題がある場合や、主要なお支払い方法に請求残額を全額請求できない場合は、リストの上から下の順番で、ほかのお支払い方法への請求が試みられます。どの方法でも請求できない場合は、最初から請求がやり直されます。