フォルダーの整理について

Finderメニューの　表示／表示順序　が「なし」になっているのでは？

名前順に設定しましょう。

このオプションはフォルダごとに設定できます。

失礼致します。

自動で整理（削除したフォルダ分詰める）などをする方法などはありますでしょうか？？

通常は何もしなくても自動で整理され、削除したフォルダ分が詰められます。

「セーフモード」で起動した状態でログインして見ても、同様か確認 して見て下さい。

（改善される場合は、Mac を再起動して再度確認して見て下さい）

Mac でセーフモードを使う方法 - Apple サポート (日本)