修理・交換の代金 前もって払っておいてあとから口座に金額が戻ってくるのでしょうか？

先日iPhoneを修理に出し、端末交換となり、12900円が口座から出金されていました。カードの情報を入力したのでそこまではいいのですが、今ちょうど新しい端末が届き、そこで出金された金額と同様の代引きとして配達されました。

これは二重に金額を払うのではなく前もって払っておいてあとから口座に金額が戻ってくるのでしょうか？

交換代金は12900円だったので半額を先払いとかではないと思うのですが．．．

＊　タイトルを変更しました。　Apple Inc.