ストレージ容量を「その他」が占有し、空き容量が数GBへと減少し、動作に影響していましたが、解決しました．

> メールのLogファイルは、なぜこのように巨大化してしまったのでしょうか？

これは単なる推測ですが、どちらかのimapの仕様に不適合なところがあり、ワーニングやらエラーやらが出ているのでしょう。これを調査するにはimapの仕様を熟知している必要があり、AppleがおかしいのかNiftyがおかしいのか判断するのは骨の折れる仕事だと思います。

> 今後、こうしたことは繰り返されるのでしょうか？

繰り返されるでしょう。

> 「その他」の巨大化を防ぐ方策はないのでしょうか？

「imap.nifty.comで始まる巨大なtextファイル」の名称が変化しないのであれば、"Get Info"の中にある"Locked"にチェックを入れれば（＝"chflags uchg ファイル名"）、書き込めなくなるので肥大化はしなくなるでしょう。ただ、ログが見れなくなるし、別のエラーが発生するようになるかもしれません。

> ライブラリのファイルを削除することにはリスクの心配もあり、今回のような対応が正しいのかどうか

~/Library/Containersの中身は削除しても（デフォルトに戻ってしまいますが）再構築されるので大丈夫かと思います。

ちなみに、「その他」はSpotlightの分類にないものと考えられます。

"Search Results"のチェックボックスを外したものは「その他」になるようです。

"Privacy"を設定している場合、そこに含まれるものは「その他」にカウントされるようです。

まだ存在するなら、ユーティリティのコンソールアプリで内容を閲覧できませんか。

削除もできると思うが。

そもそもnifty.comのメールシステムはトロいので、エラー頻発なのかも。

メールアプリの接続診断で現状がわかったりしますが。