iPhoneと会社のiMacの同期を切りたい。個人のiPhoneやMacBookで会社のiMacのデスクトップにある書類が見えてしまうのを切りたいのですが、どんな設定にすればよいですか？

Apple IDをそれぞれ別なもので設定してください。

もしくはMacの環境設定でiCloudのデスクトップフォルダと書類フォルダの使用を止めてください。

>個人のiPhoneやMacBookで会社のiMac

同じApple IDを設定してるんですか。

iMacで、iCloud driveで「デスクトップフォルダと書類フォルダ」にチェックを入れてるとか？

どちらも結構やばい運用ですが。

会社のiMacに個人のApple IDを設定しているのか、

個人のiPhone,MacBookに会社のApple IDを設定しているのか、

いずれにしても、絶対してはいけないことです。