MacBookから変な通知音

失礼致します。

通知音に設定している音でもなく

設定している「通知音」と言うのは、「システム環境設定」＞「サウンド」＞「サウンドエフェクト」タブで選択されている「通知音」 の事でしょうか？

「ピコン？」と言うのが実際にはどの様な音なのかは、ガスおじさんにしか分かりませんが、「メール」メニュー ＞「環境設定」＞「一般」タブの「新着メッセージの通知サウンド」の項目が、「新着メッセージの通知サウンド」に設定されている場合は、下の画像の様にクリックすると表示される選択メニューで、「新着メッセージの通知サウンド」をクリックして通知サウンドを鳴らし、「ピコン？」と言う音と同じかどうか確認 して見て下さい。

おやすみモードにしていてもなります

「システム環境設定」＞「通知」＞「おやすみモード」の、下の画像赤枠部分の設定 は、どの様になっていますでしょうか？

（「おやすみモード」がオンの場合でも、設定によっては通知される場合が有ります）

原因がわかる方いたら対処法を教えてください

「ピコン？」と言う音が、「新着メッセージの通知サウンド」と同じである場合は、メールの着信音であると考えられますので、「システム環境設定」＞「通知」＞「おやすみモード」の、「おやすみモードをオンにする設定：」及び「おやすみモードがオンになっている時に：」の項目のチェックを全て外し、下記リンクの手順で手動で「おやすみモード」をオン にして見ては如何でしょうか？

Macで集中モードのオン/オフを切り替える - Apple サポート (日本)

どんな音が鳴るのか文字のやり取りではわからないので、頻繁に発生するのなら、Apple Storeか正規サービスプロバイダに持ち込んで見てもらうのがいいと思います。

発生頻度が少なく他の不具合がなければ、しばらく様子を見るか、どうしても気になるならクリーンインストールしてみるか（これで改善するかどうかはわかりません）、ではないでしょうか。