iCloud写真ダウンロード先がiCloud写真にならない

ブラウザでiCloud.com/Photosにサインインしてダウンロードしたんですよね。

だったら、一般のブラウザのダウンロード処理と同じですから、ブラウザで設定したデフォルトのダウンロード先に保存されます。（通常の仕様どおりの動作）

Windows用iCloudアプリをインストールしてiCloud写真を有効にすれば、ダウンロード処理をすることなく、ピクチャのiCloud写真フォルダに全ての写真がダウンロード（同期）されます。

Windowsを使っていないのでよくわかりませんが、そのiCloud写真のフォルダをご自分で作ったものなら、ダウンロードしたものから コピーして貼り付ける必要があるのでは。