クイックスタートの際に出てくるエンドツーエンドリセット

クイックスタートの途中でエンドツーエンドリセット出たことないのでわかりませんが、エンドツーエンドリセットというのはバックアップが消えるようなものではありません。新しい端末に同じApple IDをセットしたときに今までの端末間で共有してた暗号化鍵では間に合わないので、新規デバイスも含めてすべてのデバイス間で新しい暗号化鍵を作るのがエンドツーエンドリセットです。この過程でバックアップが消えるようなことはありません。暗号化鍵はユーザの端末とユーザの利用するiCloudのみで共有され、Appleさえも持ってないので、新規端末に今までのApple IDをセットすると、新規端末を含むすべての端末間で暗号化鍵を共有するためにエンドツーエンドリセットが必要になります。