Logic Proでタイムクオンタイズの設定が複数のトラックで連動してしまいます。

ユーザーズガイドには，

「オーディオ・トラック・エディタでFlex Pitchがオンのときは、オーディオトラックのリージョンのタイミングをクオンタイズ（自動補正）することができます。この機能は特に、トラックのリージョンのノートは正しいけれども、プロジェクトのテンポとリージョンが少々ずれている場合に便利です。

タイミングをクオンタイズすると、選択したトラック上の選択したリージョンが、選択した音価に調整されます。リージョンのタイミングのクオンタイズは、ドラム、単音楽器、および多声楽器で行うことができます。タイミングクオンタイズの基準として使用すべき音価が不明な場合は、拍に一致する音価から始めるとよいでしょう。つまり、プロジェクトの拍が16分音符間隔の場合は、音価を16分音符に設定するということです。クオンタイズの結果が気に入らない場合は、次に高いまたは次に低い音価を使用してやり直し、満足のいく結果になるまで繰り返します。」

と書いてあります。

これがどういう機能なのか，何だかよくわからないというのが正直なところでまことに恐縮ですが，

トラックごとのクオンタイズはインスペクタの，

こちらでするのではないでしょうか。

ひょっとしたらご質問の意図からは全くの見当違いかも知れません。

それだったらごめんなさい。