普通のアップデートとキャリアアップデートどちらが良いか、iPhoneSe.使用

両者は別物ですので、両方必要です。

ソフトウェアアップデートはiOSのアップデートでAppleが提供するものです。キャリヤーアップデートはキャリヤーを利用するのに必要なアップデートでキャリヤーが提供します。なので、iOSアップデートだけでキャリヤーアップデートをしてないと、モバイル通信や通話などキャリヤーのサービスの利用に支障が出る可能性が高くなります。極端な場合、キャリヤーを利用できなくなります。

どちらかではなく、両方必須。

キャリア設定のアップデートとiOSのアップデートは別物だと思いますが。