Apple Music でイコライザを初期値に戻すには、手動でやるしかないか

Music.app のイコライザのことですかね？もしそうなら、曲を選択して、「コマンド+I > オプション > イコライザ」で「なし」にセットすると良いかと。複数の曲を選択すれば一気にリセットできます。スクリプトでもできますが手動の方が簡単だと思います。

「~/Library/Preferences/com.apple.Music.eq.plist」

このファイルをTime Machineバックアップから復元、あるいは削除してから、すぐにMacを再起動するとどうでしょう。

※ Macを再起動しないと反映されないみたい。