外付けSSDから起動し内蔵HDの中を見ると、ファイルやアプリケーションが無い

多分内蔵SSDの暗号化の解除ができないからだと思います。

システムapfsボリュームはFileVaultを指定しなくとも自動で暗号化されます。

内蔵のシステムでログインすれば自動で暗号化キーが使われ暗号の解除を

意識することはありません。

確信はありませんが、外部システムを作成するときにユーザと設定情報を

内蔵システムからコピーを選択すれば問題ないのでは、と思います。単に

管理者ユーザ名を同じにしただけではダメでしょう。

Macintosh HD - Dataが見えるのはcatalinaとかちょっと前のmacOSの場合です。montereyぐらいになると、別の起動ボリュームから見ても、ファインダーでMacintosh HDを見る限りは統合されて見えるようになってます。ただ、実際には、Macintosh HDのシステムというのはディスク上で複数のボリュームに分かれてますので、ソフトウェア的に統合して一つに見えるようにしてるのではないかと思います。そのため、APFSではディスク上のデータは暗号化されてることもあり、ディスクとのデータのやり取りは必然的に従来のものに比べればはるかに多量になりますので、スムースなオペレーションのためには速い接続が必須です。

それから、個人で使う限り、管理者アカウントは最初に作るアカウントということが多いと思いますので、この場合は、必ずuid（ユーザid）は501になりますので、外付けから起動しても、内蔵システムの管理者アカウントのユーザフォルダーは特別なことをしなくても、そのまま中に入って読み書きできます。ただ、アカウントを作り直したりしてると、必ずしもuidは内蔵システムと外付けシステムで同じにはならず、そのために直接は読み書きできなくなることも考えられます。その時は共有フォルダーを活用すれば良いと思います。

試したことがないので憶測ですが「Macintosh HD - Data」というボリュームがあったりしませんか？

１個に見えるのかな？

usb-aタイプの外付けによくmontereyをインストールできましたね。usb-aタイプだと、せいぜい、usb3.1 gen2（10Gbps）までの接続です。多くの場合、usb3.0の接続で5Gbpsまでの速度しか出ません。Appleシリコン機の場合、外付けssdにmacOSをインストールするなら。もっと速い接続にしておかないとインストールすらできないことも多いです。インストールできても起動が不安定というのもあるようです。外付けで立ち上げて内蔵システムをみるとフォルダー内がまともに見えないというのは、接続が遅い外付けのシステムで起動してるからという可能性が高いと思います。

thunderbolt 3/usb4接続の外付けssdを使ってください。これなら40Gbpsの接続になります。お値段もそれなりですが。

これにmacOSをシステムの案内通りにインストールするなら、内蔵システムのフォルダーが0バイトになるなんてことはないです。