写真をiCloud に同期後、一部データがなくなりました

「iCloudに同期後」とは、iCloud写真を初めてオンにされたのでしょうか？

やすどんさんが仰るとおり、iCloud写真をオンにするとiTunes（Finder）でパソコンと同期した写真は自動で削除(=同期が解除)されます。

iCloud 写真に問題がある場合 - Apple サポート (日本)

以前からiCloud写真をお使いで急に一部のデータがなくなったということでしたら、SafariなどのウェブブラウザからiCloud.comをご確認ください。

iCloud.comにサインインして使用する - Apple サポート (日本)

iCloud.comでデータを確認できた場合、しばらく待てばiPhoneでも見られるようになると思われます。

MacやWin機から同期した写真は、iCloud写真をオンにした時点で削除されますよ。