iCloud+ プラン - 50GB から 200GB にしたのですが前の 50GB の分も払い続けなければいけないのか

どうしてそう思われるのでしょうか。

月の途中で容量を変更した場合、アップグレードならすぐに適用されて200GBになり、同時に200GBの料金が引き落とされるのではないでしょうか。50GB分の料金を先に支払っているのにと思われるかもしれませんが、50GBの分は日割り計算で後日精算される…とか、そういう仕組みではなかったでしょうか（うろ覚えですが）。

品川地蔵さんのリンク先にもありますが、領収書メールをよく確認しておかれるとよいかと。そのうえで不審とか疑問があれば、Appleサポートにお問い合わせを。

そんなことはありません。一つのApple IDで契約が重複することはありません。

参考：ストレージアップグレード後もアップグレ… - Apple コミュニティ