Apple Musicの更新での支払い方法でApple Account残高が使えるか教えてください。

されますよ。更新日までに他のことに使わなければ。

更新がいつなのかわかりませんが、支払いはApple IDのチャージ残高から優先的に使われるので、それまでにご自分で何かを購入するとか、Apple Musicの更新日より先に別のサブスクリプションの更新日が来たとかすると、ちょうど会費分ぴったりしかチャージしていないと、Apple Musicの支払い時に残高が不足しますよね。そうすると、不足分はお支払い方法に登録されたクレジットカードなどに請求されます。

ぎりぎりにチャージするおつもりなら、少なくとも更新日の前日までには入れておく必要があると思います（二日前ぐらいが安心ではないかと）。

アカウント残高から優先支払いされます。