Apple Watch SE (第 2 世代) の 40mm, S/M スポーツバンドを購入したところ、41mm のが入っていた

Apple Storeみたら、以下のように書いてありました。

Apple Watchのほとんどのモデルで使えます。

バンドの互換性についてさらに詳しく 

バンドの互換性

ほとんどのバンドは、サイズが対応するApple Watch Series 3以降のすべてのケースと組み合わせることができます。41mmバンドは38mmと40mmケース、45mmバンドは42mm、44mm、49mmケースに対応します。

ソロループとブレイデッドソロループのバンドに対応するのは、Apple Watch SEとApple Watch Series 4以降のモデルのみです。40mmと41mmケースはバンドサイズ1〜9、44mmと45mmケースはバンドサイズ1〜12に対応します。

失礼致します。

現在、オンラインの Apple Store で現行販売されているスポーツバンドは、下の画像の様に、全て 41 mm 及び 45 mm ケース用 ですので、例え 40 mm ケースの Apple Watch SE（第 2 世代）と同時購入した場合でも、同梱されるのは 41 mm ケース用のスポーツバンドになりますが、Gin_tonic さんもお書きの様に、41 mm ケース用バンドは 40 mm ケースと互換性が有りますので、使用上問題は無い はずです。