画面収録の外部音声が聞こえない

壁紙やWifiなどの設定が消えてしまいますが、すべての設定のリセットをしてみてください。原因不明のノイズ系のトラブルが解消することがあります。

iPadの設定をデフォルトに戻す - Apple サポート (日本)

すべてのコンテンツと設定を消去ではありませんのでお間違い無く。

そうでしたか。

特定のアプリでのみ発生する場合は、アプリ側で録音できないよう仕様になっている可能性がありそうですね。

iPhone、iPad、iPod touch で画面を録画する - Apple サポート (日本)

(中略)

一部のアプリでは、音声やビデオの録画が認められていない場合があります。画面収録と画面ミラーリングを同時に行うことはできません。