MIDIが勝手に複製される。

これ，MIDIリージョンの複製（コピー）ではなくループですよね。

え〜と，どのリージョンも選択していない状態で，

リージョンインスペクタのループにチェックが入っている状態でMIDIレコーディングすると，おっしゃるようになりますね。

意図せず何かの時にチェックを入れてしまったのではないでしょうか。

MIDIで録音した後、そのリージョンの後ろにその録音したMIDIがかなり多くの数複製されます。

摩訶不思議な現象です。スクリーンショットを載せていただければ何か気づくかもしれません。

多分何かの拍子に設定を変えてしまったのだと思うのですが、

ということなら，

Mac 用 Logic Pro が機能しない場合 - Apple サポート (日本)

の「Logic Pro の設定をリセットする」を実行してみたら如何でしょうか。

「環境設定にカスタム設定を加えていた場合、その設定内容は失われます」という注意書きがあるように，ご自分の設定項目がリセットされるのでご注意ください。

それでダメなら，全ての項目を順に実行してみる価値はあると思います。