外付け HDD - iOS で空のフォルダが出ます

iOSではって、macで保存した外付けHDDをiPhoneに繋いだのでしょうか？

最近のmacOSは、たとえ所有者が自分のものでも、他のデバイスからは誰のものか分かりようがありませんし（iOSにはアカウントというものはありません）、また拡張ACLとかで色々な制限を設けてます。そういうので他のデバイスからは見えなくなってるとか？

ファイルをmac <=> ipad間でやり取りしたいならicloudとかファイル共有を利用するなどネット経由の方が問題は起こりません。

空のフォルダと言うのは、配下にファイルやフォルダが存在するのでしょうか…?

存在しないなら、妥当と思うのは斜め上かな。