アプリデータのバックアップ未作成との表示。案内先のストレージを管理の画面ではすべてオンになっている。

バックアップ作成方法（場所）はアプリによって違ったりしますが。

>天気もバックアップが取れていないと出ているのですが、

どこをどう操作すると、この表示が出るんですか。

そもそも、天気アプリ等の気象系アプリでバックアップが必要なデータは、表示場所くらいなものなので、バックアップする必要も無いようなものなのでは。

アップル純正の天気アプリでiCloud同期をオンにしていれば、バックアップの対象外になる。

＞iPhoneのストレージとバックアップを比較すると50GBほどバックアップが少ない

これが同じになることはないですよ。そもそもアプリ本体はバックアップの対象外ですし。

iCloudで同期しているデータもバックアップの対象外です。

私はiPhone 14 Proを使っていて、ストレージは100GB以上消費していますが、バックアップは3GBとちょっとです。