Apple Acountに登録されている電話番号はSMSを送信時の発信元になっていますか？

smsはキャリアーのサービスです。基本的には、Apple Accountとは関係ありません。

しかし、iPhoneの番号をApple Accountの信頼できる番号にしてて、iPhoneからsmsを発信してるなら、結果的に、Apple Accountに登録されてる番号が発信元になることになります。

なぜそんな疑問を持たれるのでしょう？

その理由を説明してもらえたら、もう少し納得できるコメントがつくかも。

SMSを送信する端末の電話番号が発信元になるのでは。