iCloud上に残っているメモをアプリのメモにも移したい

iPhoneメモアプリには「iCloud」や「iPhone」などのフォルダがあると思いますが、「iCloudフォルダ」以外のフォルダ内にメモが保存されていますか？

もし、「iPhoneフォルダ」にメモを保存していたら、そのメモが消えてしまわないように一旦「iCloudフォルダ」に移動し、その後 iPhone や iPad でアプリが反応しない／予期せず終了する／開かない場合 - Apple サポート (日本) を試してみてはいかがでしょうか。

移動の仕方は、iPhone、iPad、iPod touch でメモを使う - Apple サポート (日本)…メモを別のフォルダに移動するの項目をお読みください。

4.アプリを削除してから再ダウンロードする

をせず 1.〜3.で改善されれば良いのですが、4.を行った場合は、 設定アプリ＞アプリ＞メモ＞“iPhone”アカウント＞「オン」、＊メモアカウント＞アカウント＞メモ＞「オン」 にすれば「iCloudフォルダ」以外のフォルダがメモアプリに表示されますのでご確認ください。

（＊については不要な場合、設定する必要はありません。）

お問い合わせ - Apple サポート (公式)

iCloud.comに保存されているメモの数と、iPhoneメモアプリのiCloudフォルダ内に表示されているメモの数が違うということですよね？

iOS18.1…設定アプリ＞ユーザ名 Apple Account、iCloud、およびその他＞すべて見る＞メモ＞このiPhoneを同期＞「オン」になっていますか？

iPhone、iPad、iPod touch でメモが見当たらない場合 - Apple サポート (日本)

iCloud.comにサインインしたものと同じApple Accountをお使いのiPhoneに設定するだけです。

→https://account.apple.com/ja-jp/faq

状況が理解できません。　『入っている』とはどこに入っているのでしょうか？

理解できません。　他の人の回答をお待ちください。