Apple Accountに電話番号を追加すると、自動的に信頼できる電話番号の方にも追加されるか

そちらではなく２ファクタ認証の先にあるボタンから追加できます。

よくわからないのですが、Apple Accountに電話番号を追加って、iPhoneはデュアルsimですか？

もし、そうなら、そのデュアルsimの番号をApple Accountに電話番号を追加すれば、自動的にそれは信頼できる電話番号にもなりますので、その時には（すでに確認できてる番号ということで）確認コードは送ってこなくても不思議じゃないと思うけど。Apple Accountに電話番号を登録すると、それはメッセージやfacetimeの宛先にもなります。なので、デバイスに無関係な番号をApple Accountに追加しない方が良いと思います（そもそも無関係なデバイスの番号を追加できるかな？）。

信頼できる電話番号が複数ある場合、確認コードを送ってくるのは最初の番号のみです。最初の番号で確認コードを受信できないときは、再送信をしてもらうをタップすると、登録してる別の番号を選択できるようになります。その時に初めてその後から登録した番号に確認コードが届きます。

しかし、もし、デュアルsimのiphoneの番号を２つとも信頼できる電話番号に登録したところで、iPhoneを紛失したりすれば両方の番号を使えなくなりますから、あまり保険にはなりません。信頼できる番号に登録するなら、家族の番号とか、本来のデバイスを紛失したときでも利用できる番号を登録しておく方がいざという時に有用です。登録してても、指定した時しかその番号に確認コードは送られませんので、普段は迷惑になることもありません。

電話番号が消えたのがおかしい（何かのトラブル？）のでは？

再登録したのはそのiPhoneの電話番号なのですよね？

今のところ正常に見えるのなら、ま良いでしょうということで様子見するしかないのでは？

ひょっとして、別の新しいApple Accountになってるということはないですよね？

設定＞Apple Account>メディアと購入のアカウントが変更した新しいものになってるか確認する。もし古いままだったら変更後のものにサインインし直す。

その上で、あまり害のなさそうな、変更する前のApple Accountで入手したアプリを削除してみて、そのアプリが購入済みに雲アイコンになってて、ダウンロード・インストールできるか試してみると良いのでは？

単に購入済みに今までのアプリが表示されてることを確認するだけでも良いかも。

追加してみればわかるのでは？

＞Appleアカウントに変更があるとメールが来ると思うのですが、信頼できる電話番号の方しかメールが来ていませんでした。Appleアカウントに電話番号追加してもメールは来ないようになっているのでしょうか。

信頼できる電話番号を2つ登録していて、そのうちの1つを削除したことがあるのですが、その時はApple Accountの主要メールアドレスにメールが届きましたよ。

なら良いのでは。