Apple pencil proの充電は、未使用時には側面にできるだけ付けて充電し続けた方が良いのか？

正確な回答をお求めなら、Appleサポートに直接問い合わせるのがいいと思います。

Appleのバッテリー管理方法は、iPhoneやiPadでずっと前から過充電を防ぐ仕組みが搭載されているので、Apple Pencilも同じだということを、私は疑っていません。ただ、「過充電を防ぐ仕組みが搭載されている」というのもこれまでいろいろな記事で見聞きした知識なので、自分でApple公式の情報を探したことがなく、そういう意味では、M_N_Sさんを満足させるエビデンスを提示することはできません。

私自身は充電の最適化とか、バッテリー性能をできるだけ長く維持するにはどうすればよいか、ということにはあまり重きを置かず、使いやすさや利便性を重視しています。100%まで充電したApple Pencilを外したまま長時間放置して、いざ使いたいときにバッテリーが思いのほか低下していた、という事態は避けたいからです。

使い方は人それぞれなので、M_N_Sさんが外しても困ることがなければそれでよいのではないでしょうか。「充電し続けた方がよい」とは言えないと思います。が、バッテリーが減り具合が気になることと、外したApple Pencilが行方不明になる可能性を考えれば、私の場合はつけっ放しの方が安心できるし、それこそ「困ることは何もない」ということです。

充電池の概要についてはたぶん詳しい方が解説してくださると思いますが…（③ではないことは確かだと思います）。

バッテリーの最適な充電方法にそれほどこだわる必要がありますか？

せっかくマグネットでくっつけることができる（紛失することが少なくなる）のに、わざわざ外して保管する必要性を、私は感じませんが。

使用していないときも、ずっとつけっ放しです。過充電にはならない仕組みと聞いています。