Apple Accountに登録してるクレカを更新したい

もう削除しちゃったのですか？

削除したなら新しいカードを登録できると思いますが。

しばらく待ってみるか、iPhoneを再起動してから試してみては…？

カードの有効期限の更新（カード番号は変わらない）の場合、本来はカード情報を削除するのではなく、「編集」として新しい有効期限とセキュリティコードを入力すればいいのですが。

結局今は古いカードは削除した状態なのでしょうか。

xyさんも指摘されていますが、「設定＞氏名＞お支払いと配送先」から操作しているのですよね。

カードの有効期限の「年」は4桁で入力する必要がありますが、そこは大丈夫ですか。

>一度登録しているカードを削除して登録しようとしても

どこのメニューでこの操作をしているかを具体的に書かないと、推測の下で誤解が生じて、往々にして話がすれ違うが。