使用中の外付けHDDの物理ボリュームの一部をMacのTimemachineに割り当てたい

Time Machineのバックアップディスクは、Time Machineバックアップ専用にしてください。ほかのファイルの保管には使いません*。

Time Machineの詳細をご確認なさっておかれては。

Time MachineでMacをバックアップする - Apple サポート (日本)

また、

バックアップを戻そうとした時に、

バックアップが壊れていて使えなかったということが起こる場合があります。

バックアップが壊れていて使えないかは、実際に戻してみるまで、知ることは出来ないようです。

複数にTime Machineバックアップを取っておくのが安心に繋がるかと思います。

いざという時に使えなくて困ったという方はお見かけしたことがありますので。

パーティションは比較的壊れやすいので、パーティションを切ってtIme Machineのバックアップ先にするのは、リスキーですが。

パーティションを切る場合、対象ボリュームのデータは、原則、消えます（ファイルシステムが新規になるので）。

謳い文句としてファイルシステムを自動修正してくれるとしても、頼らない方がいいのでは。