「Apple Accountはアプリ内の支払いに対応していない」 と表示されます

どのデバイスをどのOSでお使いの話なのか不明ですが、もしもiPhoneをiOS 26.2でお使いでしたら、次の点を確認してください。

[設定] ＞ [スクリーンタイム] ＞ [コンテンツとプライバシーの制限] ＞ [アプリのインストールと購入] において、[アプリ内課金] が許可になっていること。もしくは [コンテンツとプライバシーの制限] による制限自体がされていないこと。

支払い方法にApple Payを追加されている状態の話でしょうか。

その場合は通常通りいつものクレジットカードを選んで支払いを行うと優先的にApple Account残高を使います。

支払い方法の選択を選ぶとその表示が出ますが気にしなくていいです。

参考

App内支払いでApple Payを使… - Apple コミュニティ

基本的にアプリ内購入（課金）にウオレットは無関係です。

アプリ新法の関係で今後は、ウオレット登録のクレジットカードを支払いに使うようになるかもしれないが。