iCloudでとりあえず同期をしたのですが容量がいっぱいと言われたため同期を外しましたが、まだiCloudストレージがいっぱいというメッセージが出来ます。
MacでiCloudDriveを有効にすると、Macのデスクトップと書類フォルダをiCloudと同期させる作業が始まります。
この時iCloudにアップロードして、Mac上はエイリアスに置き換える作業を行ったりします。(設定によるかも)
途中で同期を止めると一部だけ同期した状態になるので、今の状態がまさにそれじゃないですかね。
1.同じApple IDを使用している端末のすべてでiCloudとの同期を外さないといけないのか?
他の端末がiPhoneやiPadならiCloudDriveと頻繁に同期しないので放置でも問題は起こらないと思います。
一部のiCloudデータは同期していませんとメッセージが出るのはどういうことでしょうか?
iCloudにアップロードしてiPhoneからは実体が消え、その後エイリアスに置き換わってない状態じゃないですかね。
2.iCloudDriveはデスクトップ上のデータをすべて同期してしまうのか?
とりあえず、現状はその様に進行しています。
途中で止めちゃっているので、どうなっているかを正確に把握するのは難しいんじゃないですかね。
必要なデータだけアップする方法はないのか?
デスクトップなどのデータの同期を止める方法はあるんですが、途中でやっちゃうと訳分からなくなると思います。
一通り終わってから、以下の操作で同期を止められます。
システム設定からiCloud Driveの「オプション」を開き、「デスクトップ」と「書類」フォルダのチェックを外す。
3.最初にデスクトップのMacで同期したのでその同期を外したら元々あったデスクトップのデータだデスクトップから無くなったのですが
どこかにあるのか、iCloudDriveにあるのか?
iCloudDrive上のデスクトップフォルダのはず。
もう一度iCloudDriveに同期しないといけないのか?
一時的にでもiCloud+にアップグレードして、同期を終了させてから、同期を止めて、ファイルを元に戻す作業を行った方が間違いが少ないと思います。