iPadにあるトーク履歴

エンド・ツー・エンドの暗号化は関係ありませんか？

Lineのバックアップがどうなってるか知りませんが、iCloudを利用する場合、暗号化されて保存されてるものは非常に多いです。この場合、その情報をアップしたデバイスでしか情報を復号化できず利用できません。そのデバイス独自の暗号化キーで暗号化されるためです。今の場合に即して言えば、iPadで暗号化されたバックアップはiPadでしか利用できず、iPhoneでは利用できないためにおっしゃるような状況になってるのかもしれません。

アップルが用意してるアプリでは、エンド・ツー・エンドの暗号化のリセットをすれば、同じAppleアカウントを利用してるデバイスすべてで同じ暗号化キーを利用できるようになり、すべてのデバイスで同じ情報を読み書きできるようにしてます。

Appleアカウントのところを見ると、さらに操作が必要ですとか出て赤丸がついてたりしませんか？

もしそう言う状態だと、エンド・ツー・エンドのリセットが必要なのかもしれません。