古いiPhoneに入っていた写真が新しいiPhoneと同期されて消えてしまった

新旧のiPhoneでiCloud写真をオンにした状態ならば古いiPhoneの写真がiCloudに入り、新しいiPhoneにも入ります。

この状態のままどちらかのiPhoneで写真を消すとiCloudからも消え、もう一台のiPhoneからも消えます。

同期とはそういう仕組みです。

消した直後ならゴミ箱にまだ残っていませんか？

両方のiPhoneでicloud写真をオンにしてるのですか？

icloud写真をオンにしてるのなら、古いiPhoneから写真が消えることはないと思いますけど。ただ、同期のプロセスはゆっくりで時間がかかりますので新しいiPhoneにはなかなか表示されないかもしれません。同期を進めるためには、自宅ではWiFiには必ず接続して24時間オンにしておくことが必要です。