残高で支払いができない

失礼致します。

状況が良く分かりませんが、Apple Account の残高に入金されたのは、PayPay で残高不足のエラーが発生した後 と言う事で宜しいでしょうか？

その場合、先ずエラーが発生している PayPay の問題を解決しないと、後から Apple Account の残高に入金しても、支払いを行う事は出来ませんので、PayPay に問い合わせて事情を説明し、残高不足の問題を解決 する必要が有るかと思います。

PayPay の残高不足の問題を解決しても支払いが行われない、または「設定」＞「自分の名前」＞「お支払いと配送先」で、赤文字のエラーが表示され続ける場合は、Apple サポート（受付時間 : 午前 9 時 ～ 午後 9 時）に連絡し、事情を伝えて対処 して貰って下さい。

（下記リンクの「ライブサポートへのお問い合わせ」＞「日本」＞「国内からかける場合」の電話番号）

Appleサポートへのお問い合わせ - Apple サポート (日本)

>>お支払い方法の修正をしようとしてAppleaccountの残高で支払おうとしたのですが拒否されてしまいます

これは、どのように拒否されたのでしょうか……?

一般にApple Accountに残高があれば、それが優先されると聞いています。