Apple Accountで支払いができない

Apple以外のWebサイトで使う場合はクレジットカードのみが使えます。

AppleStoreだとApple Accountの残高とクレジットカードが使えます。

実店舗での支払い(コンビニとか)ならその店舗で使えるカードSuicaなどの交通系カードとクレジットカードが使えますがApple Account残高は使えません。

Apple Pay - Apple（日本）

あともう一つ、AppStoreで課金したりアプリを買う時にはApple Account残高が優先的に使われ、足らない分をクレジットカードから支払いますのでどれかクレジットカードを選択してください。

もう少し情報がないとコメントしにくいと思います。

ウォレット内に他にカードを登録しているのに表示されないということですか。

そのWebサイトはApple Payでの支払いに対応していますか（ウォレット内のカードを支払いに使用できるのは、支払い方法で「Apple Pay」を選んだときだけです）。

ウォレット内に登録したカードのことではない場合は、支払い方法に「クレジットカード」を選択して、必要な情報を入力します。