情報のご提供、ありがとうございます。
[設定]の[プライバシーとセキュリティ]の[セキュリティ]に表示されるのは、おそらくダウンロードしたアプリやノータリゼーションのついてないアプリの時で、私もダウンロードしたアプリを実行した時に何度か目にして、許可したことはあります。
しかし、今回の自作スクリプトに対する「悪質なスクリプトはブロックされました」は、それとは別口みたいです。
Automatorを使ってアプリを作って、「MyScript.app/Contents/MacOS/Automator Application Stub」を使えば、Gatekeeperを回避できるかもというのは、面白いアプローチだったので試してみました。
しかし、スクリプトの使い方が、
% myscript subcmd1 arg1 arg2 && myscript subcmd2 arg1
出力を確認
コマンドヒストリーを戻って引数を変更
% myscript subcmd1 arg3 arg4 && myscript subcmd2 arg5
そんな感じの繰り返し...
みたいなCUI前提のものなので、Automatorの引数の扱い、標準出力をスルーしてくれないなどの理由で断念しました。
最悪、ノータリゼーションすれば回避できそうな気がしますが、たかが「自作ツールのためにそこまでする気には...」という感じです。
ブロックされた際のログを確認したところ、下記のように、malware blockの記録に失敗しているようで、そのために[プライバシーとセキュリティ]の[セキュリティ]に表示されず、許可もできないようです。ディスクの空きもあるので、記録に失敗しているのは多分バグなので、Appleのフィードバックでレポートしました。修正されることを祈りつつ、しばらくはブロックされたら根気良く再実行しようと思います(あるいは、自作スクリプトを使うときだけ、nodeのcom.apple.quarantine拡張属性を消してみるとか)。
% log show --last 10m --predicate 'subsystem == "com.apple.syspolicy"' --info
Filtering the log data using "subsystem == "com.apple.syspolicy""
Skipping debug messages, pass --debug to include.
Timestamp Thread Type Activity PID TTL
2026-05-27 15:30:15.950535+0900 0xd0c47 Error 0x0 499 0 syspolicyd: [com.apple.syspolicy:default] SQL error '<private>' (19)
2026-05-27 15:30:15.950540+0900 0xd0c47 Error 0x0 499 0 syspolicyd: [com.apple.syspolicy:default] Step error (19) on query: INSERT INTO historic_malware_blocks (timestamp, cdhash) VALUES (?1, ?2)
2026-05-27 15:30:15.950560+0900 0xd0c47 Error 0x0 499 0 syspolicyd: [com.apple.syspolicy:default] SQL error '<private>' (19)
2026-05-27 15:30:15.950562+0900 0xd0c47 Error 0x0 499 0 syspolicyd: [com.apple.syspolicy:default] Finalize error (19) on query: INSERT INTO historic_malware_blocks (timestamp, cdhash) VALUES (?1, ?2)
2026-05-27 15:30:15.950564+0900 0xd0c47 Error 0x0 499 0 syspolicyd: [com.apple.syspolicy:default] Failed to mark malware block: 19
2026-05-27 15:30:15.951127+0900 0xd0c47 Default 0x0 499 0 syspolicyd: [com.apple.syspolicy:default] Recorded malware block for identifier=<private> path=(none)
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Log - Default: 1, Info: 0, Debug: 0, Error: 5, Fault: 0
Activity - Create: 0, Transition: 0, Actions: 0