SuicaをApple Watchで使う

iPhone側でSuicaを作成したのであれば

既に確認はお済みかと思いますが今一度Apple Watch側にSuicaが移動しているか確認してください。

Appleウォレットに交通系ICカードを追加する - Apple サポート (日本)

Apple WatchにSuicaが入っている事が確認できたら

Apple Watchの設定→ウォレットとApple Pay→エクスプレスモード

と進んでいって、該当のSuicaが選択されているか確認してください。

Apple Watchで交通系ICカードを使用する - Apple サポート (日本)

設定が確認できたら念の為再起動をしてもう一度改札にかざしてみてください。

Apple Watchを再起動する - Apple サポート (日本)

>SuicaをApple Watchで使う設定にしたが

具体的にはどういう設定にしたのかを書いた方がいいのでは。