アプリ内課金についてです

残高が最優先で使われます。ギフトでアプリを送信など一部残高で購入できない場合もあります。

Appleのアプリ、コンテンツ、サブスクリプションの料金の請求の仕組み - Apple サポート (日本)

請求対象となるお支払い方法 アイテムを購入した場合やサブスクリプションの料金を支払う場合、以下の順序でお支払い方法に代金が請求されます。 1. Apple Accountの残高から、請求額の全額が差し引かれます。 Apple Accountの残高で購入できるものについては、こちらの記事を参照してください。 2. Apple Accountの残高がない場合や、請求総額を賄うには残高が不足している場合は、主要なお支払い方法への請求が試みられます。ファミリー共有をお使いの場合、Appleはファミリー管理者の主要なお支払い方法より先に、個人のApple Accountの残高に請求します。 3. 主要なお支払い方法に問題がある場合や、主要なお支払い方法に請求残額を全額請求できない場合は、リストの上から下の順番で、ほかのお支払い方法への請求が試みられます。主要なお支払い方法は一番上に表示されます。お支払い方法を管理するときは、「編集」をタップしてお支払い方法を並べ替えます。  4. どの方法でも請求できない場合は、最初から請求がやり直されます。

クレカ選択のままでもアカウントの残高が優先されます。

参考：App内支払いでApple Payを使… - Apple コミュニティ