iOS 26.5.2 - アカウントログアウトの後にSuica消えました

こちらを確認してみてはいかがですか？

尚、iOS最新バージョンは26.6です。

iCloudに接続またはサインインできない場合 - Apple サポート (日本)

Apple Payを設定する - Apple サポート (日本)より一部抜粋……1. お使いのすべてのデバイスでiCloudにサインインしてください。iOSデバイスでは、Face ID、Touch ID、またはパスコードを設定する必要があります。Apple Watchでは、パスコードを設定しておく必要があります。iCloudからサインアウトしたり、デバイスのパスコードを削除したりすると、そのデバイスからクレジットカード、デビットカード、プリペイドカード、交通系ICカード、学生証がすべて削除されます。

削除（サーバ退避）／再発行されたSuicaを端末に再設定したい。 | Suica Apple Pay よくあるご質問

Apple PayのSuica/ウォレットアプリ/Apple Watchなどに関する問合せサポートを | Suica Apple Pay よくあるご質問

>ログアウトしてから再度サインインしました

ログアウトしたら、削除（iCloudに退避）されるのは、仕様。

サインインしたら、iCloudから復元できるのも仕様。