iTunesからiPhoneに音楽を同期しようとするとアプリが消える

パソコンにiPhoneを接続してiTunesの音楽を同期しようとすると、iPhone内のアプリが勝手に削除されそうになります。

操作は以下の通りです。

1. iTunesを開き、「チェックマークのある曲とビデオだけを同期」に設定する
2. 音楽の一覧から同期したいアルバムにチェックを入れる
3. チェックを入れた瞬間、画面下に表示されているiPhoneのストレージ（画像1枚目）から「アプリ」の部分が勝手に消える（画像2枚目）

ここから先に進んだらアプリがどうなるのか分からないため、同期は実行できていません。

アプリデータ自体はapp storeから再ダウンロードすれば復活するかもしれませんが、アプリ全部の再ダウンロードは手間なのでできればやりたくないです。

また、今までも iTunesから音楽を同期したことはありますが、その時は問題なくできました。

このまま進んだら、やはりアプリは消えてしまうのでしょうか？削除させなくする設定はありますか？