アプリを終了しようとしたら、どこかに消えてタッチ出来なくなる

根本的な解決にはなりませんが、

「設定」アプリ>「マルチタスクとジェスチャ」 この画面で、「ウインドウ表示アプリ」 をタップしてチェックが入ったことを確認します。

次に、アプリスイッチャーでどこかに消えてしまうアプリを開きます。この時に、

1. アプリがフルスクリーンで開いた場合
   1. iPadの画面上部中央から下にスワイプします
   2. をタップします
   3. をタップすることでアプリを終了できます
2. アプリがフルスクリーン以外の大きさで開いた場合
   1. ウインドウの左上にあるをタップします
   2. をタップしてアプリを終了できます

もし、アプリを開く設定を元に戻したい場合は、

「設定」アプリ>「マルチタスクとジェスチャ」 この画面で、「フルスクリーンアプリ」 を選択することで元の設定に戻すことができます。

iPadで複数のウインドウを同時に使用する - Apple サポート (日本)

ちなみに、基本的にアプリを終了させるのは、動作が重くなったり、アプリが反応しなくなったりした場合です。

そのため、例えばバッテリー節約のためにアプリを終了させるのであれば、かえって逆効果になってしまいます。

iPadでアプリを終了して再度開く - Apple サポート (日本)

アプリスイッチャーにも表示されませんか…?

一部のアプリを明示しないのは何か理由があるのでしょうか…?

通常はアプリスイッチャーからアプリをあえて終了させる必要は無い事になっています。