携帯電話購入時にアカウント残高を使用する選択をしなかった場合、決済時に自動的に残高から引き落とされますか。

失礼致します。

残念ながら、アプリ内課金やコンテンツ、サブスクリプション等の支払いは、Apple Account の残高が、他の「お支払い方法」よりも優先的に使用される仕様ですが、オンラインの Apple Store での製品購入時の支払いは、ユーザが明確に「お支払い方法」を選択する必要が有ります。

（なので、Apple Account の残高を使用する場合は、下の画像の様に、入力欄に使用する Apple Account の残高を入力し、「適用」のリンクをクリック（またはタップ）する必要が有ります）

お支払いについて - ショッピングのサポート - Apple（日本）

されないと思うけど。