iCloudストレージプランを一度購入したが反映されず、再度購入したが、1回目の支払いは返金されるか

失礼致します。

本来であれば、同一の Apple Account で、同一のサブスクリプションは、重複登録出来ない はずですが、タイミング的にも料金的にも iCloud+ ストレージプラン（200 GB）ですよね・・・。

Apple から iCloud+ ストレージプラン（200 GB）の 540 円 x 2 の「領収書」メール は届いていますでしょうか？

届いていない場合は、「購入履歴」で iCloud+ ストレージプラン（200 GB）の支払いが、「保留中」等になっていないか確認 して見て下さい。

（「保留中」等になっている場合は、「保留」状態が解除されるまで、返金の申請は出来ません）

App StoreやほかのAppleメディアサービスの購入履歴を確認する - Apple サポート (日本)

既に Apple Account に登録されている「お支払い方法（「設定」＞「自分の名前」＞「お支払いと配送先」）」に問題が無い場合は、「保留」になるのは不具合と言う訳ではなく、購入処理の準備を行なっている状態で、購入処理が完了すれば自動的に「保留」状態が解除され、「領収書」メールが発行されます。

只、Apple Account に登録されている「お支払い方法」に問題が無い場合でも、購入時に使用した「お支払い方法」によっては、「保留」状態が解除されるまでに、最大 2 週間程掛かる場合が有ります（特に PayPay 等）ので、「お支払い方法」に問題が無いのに 15 日以上経過しても「保留」状態が解除されない場合は、Apple サポート（受付時間 : 午前 9 時 ～ 午後 9 時）に連絡して事情を説明 して下さい。

（下記リンクの「ライブサポートへのお問い合わせ」＞「日本」＞「国内からかける場合」の電話番号）

Appleサポートへのお問い合わせ - Apple サポート (日本)

【 iCloud+ ストレージプラン（200 GB）の 540 円 x 2 の「領収書」メールが届いており、「購入履歴」でも表示される場合 】

返金の申請は通常、下記リンクの手順で行いますが、今回のケースは特殊ですので、直接 Apple サポート（受付時間 : 午前 9 時 ～ 午後 9 時）に連絡して「ご注文番号」と事情を伝え、画面共有して貰いながら確認して貰う のが宜しいかと思います。

Appleから購入したアプリやコンテンツの返金手続きをする - Apple サポート (日本)

【 iCloud+ ストレージプラン（200 GB）の 540 円（1 つだけ）の「領収書」メールが届いており、「購入履歴」でも 1 つだけ表示される場合 】

PayPay アプリの重複支払いの表示が、Apple ではなく PayPay 側の問題である可能性が有りますので、PayPay に連絡して「Apple では 540 円（1 つだけ）のみの請求なのに、PayPay アプリでは重複（540 円 x 2）支払いの表示になっている」旨を伝えて、返金または表示が修正されるのか確認 して下さい。