iCloud上のデータの初期化

gaitiroさんのおっしゃる通りかと思います。

iCloudのデータは個別のサービスごとに削除してゆくしかないと思います。

Appleアカウントの削除（抹消）は、下手するとそのアカウント設定したたiPhoneやiPadをを文鎮化しかねなので、乗っ取り被害にでもあってない限りやらない方が良いですし、事前の縁切りが必須。

最近、相談があった事例

たぶん、この方のiPhoneは2度と使えなくなってるはず。

iPhoneのアカウントを変更するため… - Apple コミュニティ

個別のアプリデータの初期化は、ファイルアプリでiPhone内の当該アプリのフォルダを削除の上、アプリも削除して再ダウンロードで消せると思います。（アプリ側でサーバ上にデータ保存してる場合を除く）

念のため、実行前にiCloudにバックアップを取っておきましょう。

パソコンに暗号化バックアップでもOK

そのような操作は無いはずです。

Account自体を消すことは可能ですが今まで購入したアプリ、音楽が全て使えなくなるのでやめた方が良いと思います。

特定のアプリなどで初期値から始めたいという話ならそのアプリのサポートに聞いてみるとか。