クリップ再生時に「チリチリ」という音ノイズが出ます

QTファイルとして単独で再生すると正常なのですが、Final Cut Pro に読み込んで
再生すると「チリチリ」というような音ノイズが発生してしまいます。
以下が、現在使用している環境です。
Mac Pro G5（Intel Mac）
Mac OSX 10.4.11
プロセッサ：2×2.66　Ghz Dual-Core Intel Xeon
メモリ：4GB
外付けHDD: BUFFALO HD-M500IU2 (7200rpm)
Firewireを使用
但し、外付けHDDのフォーマットは初歩的な間違いで、Mac OS拡張（ジャーナリング）ではなく、MS-DOS（FAT32）フォーマットのままです。
作業用の素材をすべて取り込んでしまっているので、できればこの環境で可能なら作業をしたいと思っています。
HDDの残りは174GBあります。
Final cut pro 内で再生すると音ノイズがでますが、それの元ファイルである外付けHDD内の「Capture Scratch」QTファイルを再生すると正常なのです。
この現象は、今回の編集用の外付けHDD内だけではなくデスクトップにあるQTファイルを読み込んでも起こります。
つまり、Final Cut Pro に読み込むと音ノイズが発生する状況です。
（ファイルそのものよりも、Final Cut側に問題がありそうな気がします）
何度か再起動などをやってみましたが、改善されません。
これは設定の問題なのでしょうか？
気のせいかもしれませんが、この「チリチリ」音はタイムコードのカウントと
同期しているようにも思います。設定ひとつで除去できそうな気もしますが、
もっと根本的な問題なのか、皆さんのお力をお借りしたいと思います。
以上、初歩的な問題かもしれませんが、どうぞよろしくお願い致します。