近頃、動作速度が遅くなった気がしています。

Disk WarriorでDefragを直せるかは存じませんが最適化のOptimizeと間違われていません?
HDD内部の状況をご存じなら現状はどうなっているか、消去や編集やUpdateを行えばどうしても歯欠けが起こります。そこに分割されたfileが書き込まれるのでHDDの残りが少なくなると読み書きが遅くなります。また、OS9とOSXが一緒や、DataとOSXが同じVolumeだと直ぐにデフラグが起こりやすいと思います。
それなりのOSX環境にすれば快適になると思いますが... Memoryは確かに少ないです。
OSXが自動で行う最適化は条件に当てはまる20MB以下のfileに対して行います。昨今のfileの大きさはGB単位のfileが多くなっています。映像関係など...
あるいは裏で動いている3rd partyの何かが足を引っ張っているとか?　遅い機器の足並みに合わせているとか?

toshi さん、こんにちは
まず、一般論として、10.4の環境下で512MBと言うメモリ容量はかなり少ないと思った方がいいです。ただし、XBenchの総合結果が９ポイント下がったとは言っても、どの数値が具体的に下がったのかが分からなければ、判断のしようがありません。ハードディスクかもしれないし、実際にはほとんど変わっていないのかもしれません。加えて、XBenchの一回分の結果だけを持って、絶対的な評価基準とするのは危うく、数回の計測の平均値を持って当座の目安にすべきです。
また、バックグラウンドで動作しているアプリケーションによっても、動作速度は変わって来ます。バックグラウンドで何が動作しているのか、最初の頃と違っている事は何か、を検討した方がいいのでは？書き込まれている情報だけでは、本当に動作が遅くなっているのかでさえ、具体的には分からないですよ。
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　　　いとうみきでした