ハードディスクの回転が止まらない

Spotlightのindexを作っているのでは?
# menubarのSpotlightが動かなければお仕事中です。あるいはActivity Monitorでmdsなどが動いているか確認して下さい。indexの作成時間はHDDの大きさや中身が一杯だと数日かかる場合があります。
ディスク、アクセス権の修復を行って下さい。
これらに問題があるのかも???
/Library/Preferences/SystemConfiguration/
com.apple.AutoWake.plist
com.apple.PowerManagement.plist
# AutoWakeはSchedule, PowerManagementはPower関係です。

ぴっぴさん、アドバイスありがとうございます。
Spotlight は動きます。（クリックすると入力画面に切り替わります）
ディスクアクセス権は修復できました。最初はなにやら？で「修復が必要です」といってきましたがいまは出ません。
それでもまだHDは回りっぱなしです。ほかに手はないでしょうか？

> ほかに手はないでしょうか？
Activity Monitorの監視を行って下さい。
# 赤字のprocessが問題を起こしています。%CPUが100%に近いものも...
新しいユーザ・アカウントで問題ないか確認して下さい。
# 問題ない: Homeの中、同じ症状: Home以外です。
OSXに機能を追加する3rd partyのplug-ins, utilityを外して試して下さい。
あとは様子をご覧になっているしか手がないと思います。
# Fanの異常、CPUが問題だとかは外付HDDにClean Installで切り分けられます。
Reset PRAM, Reset NVRAMは試しました?

Activity monitor には特に稼働率の高いものはないようです。
Reset PRAM, Reset NVRAM　も試しましたが変化はありません。
HDのアクセス権も修復できました。
依然としてHDは回転を止めません。
新しいユーザーアカウントはまだ作って試していませんが、、。

ちょっと確認なんですが、電源を投入していたら、基本的にはHDDは回転し続けるものですよね？（HDDのスリープ設定は別として）
何の操作もしていなくても、HDDは高速で回転しているので、回転音は常にするものです。
ここで言われている「音」とは回転音でしょうか？
それともシーク音でしょうか？
HDDの種類によっては回転音（動作音含む）が大きい物もあります。
またどのような時に回転が止まるとお考えでしょうか？
スリープ時？　電源を切った時？
HDDを交換する前は、マシンの電源オン時に、HDDの回転が確実に止まっている時があったのでしょうか？

これらにヒントがあるかも...
スリープとディープスリープについて
Mac OS X のスリープモードとアイドルモードについて

　HDを交換する前はPCから全く音がしないのがほとんどでした。もちろん立ち上げ時はシーク音はしました。
　HD交換後は省エネルギー／可能な場合はHDをスリープさせる：を選択しています。にも関わらず常にHDから異音（最初はファンかと思いました）が常に出ています。試しに分解した状態で電源を入れてみましたがマザーボードのファンは回転していません。異音は明らかにHDから出ています。
　「HDDは常に回転するもの」とあります。ではHDのスリープの設定は何を意味するのでしょうか？

HDDの異音との事ですので、通常の回転音では無いって事ですね？
HDDの回転音、シーク音は機種によって音の大きさがかなり違います。
ちなみにどのような音でしょうか？
「ウィーン」とか、「シャー」とか？
明らかに回転音やシーク音では無く、”異音”であるならば、HDDの不良も考えられますので、早めにバックアップをとり、購入店へ相談するほうが良いと思います。
また、HDDは高速で回転しているので、いちいちアクセスのたびに回転をオンオフする事はほとんどありません。基本的に常に回転します。しかし、バッテリー駆動での消費電力を減らす目的や、なかには回転音が不快だから、との理由もあるでしょう、省電力設定でのHDDのスリープ設定があります。
また、OSXは仮想メモリを大量に使います。そのため、HDDへのアクセスは多いと思われます。

アップル太郎 さん、こんにちは
音に関する問題は、どうしても文字だけでやり取りする掲示板では具体性に欠けますので、専門の方に聞いてもらった方がいいと思うのですが。動作音については、前にも書き込みがあります通り、機種／シリーズによって差異があります。したがって、単に異音と言っても、故障に伴う音なのか、通常の仕様通りの音なのかはテキストだけではわからないのです。その音がどういう種類のものであるかと言うのは、聞けば一発でわかるとは思いますが、悲しいかな、掲示板ではそれができないのです。
HDDは「稼働時には常に回転」していますが、非稼働時には回転数を落としたり、回転を止めたりしていると聞きます。
《書き込みにコメント付け隊》
　　　いとうみきでした

メッセージありがとうございます。
新品のHDに交換後からであること。ほかに不具合はないことから故障ではないと思います。ちなみにあたらしいいHDは
Hitachi HTS541612J9AT00　
です。小さいですがPCを使用している間は低い一定の音（モーターの回転の音）を発しています。
「可能な場合はHDをスリープさせる」を選択していてもこの状態です。

アップル太郎 さん、こんにちは
HDの回転を止めるのはスリープモードに移行してからですから、稼働状態ならば回転していて当然、稼働状態で止まっていたら故障です。また、HDのモータ音も、どの程度の音なのかが具体的にわからないので、一度専門家に見てもらってはどうですか？って事なんですが。新品のドライブだから故障していないと言うのは、あまりあてにはならないんですよ。初期不良等もありますしね。
《書き込みにコメント付け隊》
　　　いとうみきでした